Fauna
La fauna está representada por 53 especies de mamíferos, 144 de aves, 92 de anfibios y reptiles y 93 de peces.
• Mamíferos: El sendero El Caimán y los alrededores de Yanacocha son considerados un refugio natural para los macromamíferos como el tapir, el venado, los monos, entre otros.
Los murciélagos son los más abundantes, seguidos por los roedores como la guatuza negra y los carnívoros como el jaguar y el tigrillo.
Especies amenazadas: nutria gigante, jaguar, mono chorongo, tapir amazónico, armadillo gigante, raposa lanuda amazónica.
• Aves: martín pescador, garrapateros, garzas, hoatzín, pericos, loras, guacamayos, gallinazos de cabeza roja y amarilla que cumplen su función purificadora al alimentarse de carroña y desperdicios.
En el área se registraron dos especies amenazadas de extinción: el gritador unicornio, el gavilán negro cangrejero y el cacique ecuatoriano, esta última como la única ave endémica de la Reserva.
• Anfibios y reptiles: Los anfibios presentes corresponden a ranas, sapos y salamandras; con 6 familias, 22 géneros y 53 especies.
Los reptiles (lagartos, culebrillas ciegas, caimanes, serpientes y tortugas) están representados en 14 familias, 28 géneros y 39 especies. Son característicos en el área los caimanes, las anacondas y las boas.
La charapa grande presenta una categoría de amenaza por la recolección excesiva de sus huevos; mientras que la charapa pequeña está clasificada de bajo riesgo.
• Peces: La ictiofauna equivalentes a 15% de la diversidad total (600 especies) de la Región Amazónica. Una alta abundancia de especies comerciales como la corvina, el bocachico, el tucunari, entre otras.
Las zonas de vida de la laguna corresponde a Bosque húmedo tropical, en la misma que se distinguen formaciones vegetales, bosque siempre verde de tierras bajas, bosque siempre verde de tierras bajas inundadas por aguas negras y herbazal lacustre de tierras bajas, las mismas que son formaciones vegetales que alcanzan hasta 3 metros de altura y se encuentran alrededor de la laguna.
En cuanto a la vegetación primaria, en esta Reserva
se hallan especies similares a las que existen en las áreas vecinas de Cuyabeno
y Yasuní.
Destacan palmas como la chambira y la ungurahua; además, árboles maderables,
epífitas, bromelias, orquídeas, musgos y lianas.
La vegetación de igapó ha sido identificada al sur de la laguna de Limoncocha y
en la Laguna de Yanacocha. En esta zona domina una especie de palma conocida
como chontilla y asociada a ella, está el macrolobio. En los pantanos de moretales
domina el morete, otra especie de palma, que se encuentra principalmente al
extremo sur de la Reserva, y cubre zonas permanentemente inundadas.
Junto a estas palmas, crece un bejuco conocido como uña de gato, muy apreciado
por sus bondades medicinales; el árbol de balsa, de madera apta para la
fabricación de artesanías.
En el bosque secundario maduro se encuentran el ceibo y el muy apreciado cedro,
junto al guarumo, una especie que al estar en flor, es aprovechada por aves y
osos perezosos.
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